Penerokaan hutan telah memusnahkan habitat badak sumbu kerbau dan menghalangnya kembali ke tempat pasangannya untuk mengawan. Hal ini menjejaskan pembiakan badak sumbu kerbau. Selain itu, badak sumbu kerbau juga menjadi mangsa pemburu haram yang membunuh untuk mendapatkan sumbunya. Sumbu badak ini telah dikatakan boleh dijadikan ubat untuk menambahkan tenaga dan menyejukkan badan.

Dianggarkan kurang daripada 300 ekor badak kerbau masih kekal pada hari ini (2005), kebanyakannya dalam hutan kelompok kecil di Indonesia dan Malaysia. Sekitar 70 ekor hidup liar di hutan Semenanjung Malaysia, kebanyakannya di Taman Negara Malaysia.

Menyedari ancaman terhadap spesies badak ini, Jabatan Perlindungan Hidupan Liar dan Taman Negara (Perhilitan) Malaysia telah membuka sebuah pusat pemeliharaan badak sumbu Kerbau di Hulu Selangor, Selangor sejak tahun 1984. Di sini, haiwan ini dipelihara di dalam kandang yang menyerupai habitat asalnya. Ada juga yang dilepaskan dalam kawasan seluas 10 hektar untuk tujuan pembiakan.

Badak sumbu Kerbau telah diisytiharkan sebagai salah satu daripada 12 haiwan yang paling diancam kepupusan di dunia oleh Pemuliharaan Semulajadi dan Sumber Semulajadi Antarabangsa (International Conservation of Nature and Natural Resources). Dalam "Persidangan Pakar Badak Asia 1987" (The Asian Rhino Specialist Group Conference), subspesies Harrisoni (Dicerorhinus sumatrensis harrissoni) yang hanya terdapat di Borneo telah dianggapi sebagai subspesies yang paling terancam.